柠檬酸的生产方式比较灵活，水果提取、化学合成、微生物发酵等都可有效生产，但微生物发酵是最经济、安全的方式。在菌种选择上也比较宽泛，黑曲霉、棒曲霉、文氏曲霉、芬曲霉、丁烯二酸曲霉、橘青霉、解脂假丝酵母等众多菌种都可采用，且对原料没有特殊依赖性，只要能通过微生物代谢产生柠檬酸即可，故柠檬酸的价格非常低廉，这也是其广泛应用的重要基础。

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